Reiki istorija siekia tūkstančius metų atgal. Jau ankstesnėse civilizacijose Dieviška Reiki enegija buvo naudojama gydyti žmones ir padeti sunkiose gyvenimo situacijose. Ji jau senai žinoma Indiškoje Ajurvedos sistemoje, Tibeto vienuolynuose, Sarmatijos žynių raštuose ( lietuvių protėviai prieš5-10 tūkst.metų ), Kinijos protėvių išmintyje. o įvykus stebuklingam nušvitimui 20a. pradžioje pasiekia ir Japoniją. Taip Reiki prisikelia naujam gyvenimui ir pasiekia mus. Tai įvyksta MIKAO USUI dėka.
Reiki metodo pradininkas buvo japonų daktaras ir tyrinėtojas Mikao Usui, gimęs 1865 m. rugpjūčio 15 d. Yago kaime, Yamagatos rajone, Gifu prefektūroje, Japonijoje. Budistų šeimoje. Keliavo po Kiniją, Japoniją. Sukūrė šeimą, augino du vaikus. Išbandė įvairią veiklą: buvo valstybės tarnautojas, verslininkas, žurnalistas, politiko sekretorius, religinės (ne krikščioniškos) organizacijos misionierius, kalėjimo kapelionas. M. Usui buvo labai išsilavinęs, kurį laiką ėjo Tokijo mero sekretoriaus pareigas ir turėjo nemažai pažinčių to laikotarpio Japonijos inteligentų tarpe. Domėjosi ekstrasensorika- žmonių gydymu, dvasine praktika, energetika – reidžiu tuka. M. Usui nuoširdžiai norėjo padėti žmonėms jų bėdose ir manė, kad šiam tikslui labai praverstų universalus gydymo metodas. Budistų šventykloje jis įsisavino gydymo techniką su Ki energija. Tačiau ši technika turėjo trūkumą – gydytojas turėdavo iš pradžių sukaupti energiją ir tik po to galėdavo gydyti, o neapskaičiavus galimybių grėsdavo išsekimas. Jis visą gyvenimą ieškojo dvasinio pažinimo, studijavo religiją, mediciną, psichologiją. 1914 m. M. Usui nusprendė visas jėgas paskirti dvasiniam pažinimui ir tapo budistų vienuoliu. Universalaus gydymo būdo paieškoms įvairiuose raštuose jis išmoko sanskrito ir kinų kalbas. Po ilgų tyrinėjimų, M. Usui induistų šventraščiuose aptiko reikiamus simbolius ir techniką, tačiau pati savaime ji neveikė.
Reikėjo atverti vidinį kanalą, kuriuo tekėtų gyvybinė energija ir susiderinti su šios energijos vibracijomis.Kadangi šią praktiką įvaldžiusių žmonių nebuvo, Mikao Usui pabandė įgyti gydomąsias galias meditacijos pagalba. Bet gerų rezultatų nebuvo. Nusivylęs dviveide visuomene, ieškojo gyvenimo tikslo. Nesisekė šeimoje, versle. Nuejęs pas savo meistrą, kuris mokė dzenbudizmo, jis pasakė, kad jam nesiseka rasti tai, kas padėtų gydyti žmones. Meistras liepė „eiti ir numirti“. Mikao išėjo į kalnus. 1922 m. kovo mėnesio pabaigoje, po 21 dienos pasninkavimo ir meditavimo ant Kuramos kalno,prarado sąmonę. Įvyko nušvitimas. Šviesa priartėjo- SATORI- nušvitimas- šviesos įsileidimas į save. Nušvitimo metu išgyveno vienybę su visata. Jautėsi kupinas energijos ir lengvas, kaip niekuomet. Bėgo žemyn nuo kalno ir užsigavo kojos pirštą. Užsidėjo rankas ir žaizda užgijo. Tai buvo pirmas stebuklas- gautos energijos panaudojimui. Grįžęs pas meistrą, jam viską papasakojo. Meistrui pagydė artritą. Tada Meistras jam pasake: „eik ir gydyk“. M.Usui pajuto, kad gyvenimo ieškojimų tikslas pasiektas. Jis įvaldė gydymo būdą, kurį naudojant nereikia eikvoti savo energijos. Nauja energijos tėkmei jis davė REIKI pavadinimą. Gydymui naudojama Visatos energija, tekanti per gydančio Reiki praktiko rankas. Reiki buvo šalutinis nušvitimo rezultatas.
Vėliau M. Usui Japonijoje skleidė Reiki mokymą, su savo mokiniais gydė nukentėjusiuosius po 1923 m. įvykusio didžiojo Kanto žemės drebėjimo, atidarė kliniką ir įsteigė savo organizaciją. Usui buvo gerbiama asmenybė, todėl ir jo mokiniai buvo gydytojai, medikai, karininkai. M. Usui mirė 1926 m. kovo 9 d. ir buvo palaidotas šalia Sajchodzi šventyklos Tokijuje. Per savo gyvenimą M. Usui apmokė Reiki metodo daugiau nei 2000 mokinių bei paruošė 16 Reiki mokytojų. Vienas iš jų buvo Chujiro Hayashi, kuris vėliau įkūrė atskirą savo organizaciją.
Į Vakarų pasaulį Reiki atkeliavo Hawayo Takatos, gimusios 1900 m. gruodžio 24 d. vienoje iš Havajų (JAV) salų, dėka. Nuo sunkaus darbo cukranendrių plantacijose pablogėjus sveikatai, ji išvyko į Japoniją gydytis ir aplankyti savo tėvų. Ten jai pavyko patekti į Reiki mokytojo Chujiro Hayashi klinką, kur per aštuonis mėnesius ji pilnai pasveiko. 1938 m. ponia Takata grįžo į Havajus.
Ji skaitė paskaitas, mokė žmones Reiki metodo ir gydė sergančius. Netrukus mokytojas Hayashi suteikė jai Reiki meistro pakopą ir H. Takata pradėjo keliauti po Ameriką, Kanadąmokydama Reiki visus norinčius bei darydama gydymo seansus. Ji tapo žinoma Reiki gydytoja ir suvaidino lemiamą vaidmenį populiarinant Reiki Vakarų šalyse. H. Takata paliko šį pasaulį 1980 m. gruodžio 11 d. Jungtinėse Amerikos Valstijose ir Kanadoje ji inicijavo 22 Reiki Mokytojus.
Po H.Takata mirties kai kurie Reiki Mokytojai nebuvo linkę laikytis jos nustatytų griežtų taisyklių ir ėmė inicijuoti naujus Reiki mokytojus už gerokai mažesnę kainą. Tokiu būdu Reiki gydymo metodas greitai paplito įvairiose pasaulio šalyse.